Mokyklos įsteigimo data 1890 m., steigimo dokumentų nėra, remiamasi „Šilalės kraštas“ I tomu. 1944 metais įkurta progimnazija, 1948 metais ji pertvarkyta į septynmetę mokyklą. 1951 metų rudenį, atidarius aštuntą ir devintą klases, mokykla tapo vidurine. 1967 metais pastatytas naujas mokyklos pastatas ir 120 vietų bendrabutis. 1954 m. mokyklą baigė pirmoji abiturientų laida. 1999 metų gruodžio 20 d. mokyklai suteiktas Lietuvos Respublikos prezidento Aleksandro Stulginskio vardas. 2008–2009 m. m. mokykloje mokėsi 512 mokinių, iš jų 10 – Iždonų pradinio ugdymo skyriuje. Mokykloje dirbo 53 mokytojai. 2009 m. sausio 29 d. Šilalės rajono savivaldybės tarybos sprendimu, Šilalės r. Kaltinėnų Aleksandro Stulginskio vidurinė mokykla pertvarkyta į Šilalės r. Kaltinėnų Aleksandro Stulginskio gimnaziją. Nuo 1992 m. keičiamasi mokinių delegacijomis su Vokietijos Hankensbuttel mokykla. 2002 m. vasario 26 d. pasirašyta bendradarbiavimo sutartis su Kauno Aleksandro Stulginskio vidurine ir Kretingos r. Jokūbavo Aleksandro Stulginskio pagrindine mokykla. Mokykloje puoselėjamos gražios Pirmojo ir Paskutiniojo skambučių, Šimtadienio, Mokyklos dienos tradicijos. Gražių laimėjimų pasiekė jaunieji mokyklos dainininkai, dailininkai, sportininkai, biologijos, chemijos, fizikos, vokiečių k., rusų k. olimpiadų dalyviai. Mokykloje mokytojais dirbo dailininkė Algirda Karoliūtė, poetė Elena Skaudvilaitė. Mokyklos auklėtiniai: garsus figūrinio skraidymo lakūnas J. Kairys, operos ir baleto teatro solistas Č. Nausėda, Šiaulių universiteto dėstytoja, poetė M. Lukošiutė-Jurgelevičienė, matematikos mokslų daktaras P. Katauskas, biologijos mokslų daktaras B. Augustinavičius, Konstitucinio teismo teisėjai Z. Levickis ir S. Šedbaras ir kiti šalyje žinomi žmonės.